Identifying metal-binding small biological molecules

Fiziologiki şertleri meňzeş etmek gözlegçilere metal baglaýjylary tapmaga kömek edýär

Gözlegçiler metal ionlaryny birleşdirýän ownuk molekulalary kesgitlemegiň usulyny oýlap tapdylar.Metal ionlary biologiýada möhümdir.Emma haýsy molekulalaryň, esasanam haýsy ownuk molekulalaryň - şol metal ionlarynyň özara täsirleşýändigini kesgitlemek kyn bolup biler.

Derňew üçin metabolitleri bölmek üçin adaty metabolomika usullary organiki erginleri we pes pH-leri ulanýar, bu bolsa metal toplumlaryň bölünmegine sebäp bolup biler.Kaliforniýa San-Diýego uniwersitetinden Piter C. Dorrestein we işdeşleri öýjüklerde tapylan ýerli şertleri deňeşdirip, toplumlary derňemek üçin bilelikde saklamak islediler.Emma molekulalary bölmek wagtynda fiziologiki şertleri ulanan bolsalar, synag etmek isleýän her bir fiziologiki ýagdaýy üçin aýralyk şertlerini täzeden ulanmaly bolardylar.

Muňa derek, gözlegçiler adaty hromatografiki bölünişik bilen köpçülikleýin spektrometrik derňewiň arasynda fiziologiki şertleri girizýän iki basgançakly çemeleşmäni döretdiler (Nat. Chem. 2021, DOI: 10.1038 / s41557-021-00803-1)Ilki bilen adaty ýokary öndürijilikli suwuk hromatografiýany ulanyp, biologiki ekstrakt bölüpdirler.Soňra hromatografiki sütünden çykýan akymyň pH-ni fiziologiki şertlere meňzemek üçin sazladylar, metal ionlaryny goşdular we garyndyny köpçülik spektrometri bilen analiz etdiler.Metallar bilen we ownuk molekulalaryň köpçülikleýin spektrini almak üçin derňewi iki gezek geçirdiler.Haýsy molekulalaryň metallary baglanyşdyrýandygyny kesgitlemek üçin, baglanyşyk we baglanyşyksyz görnüşleriň spektrleriniň arasyndaky baglanyşyklary kesgitlemek üçin iň ýokary şekilleri ulanýan hasaplama usuly ulanyldy.

Dorrestein, fiziologiki şertleri hasam takyklamagyň bir usuly, natriý ýa-da kaliý ýaly ionlaryň ýokary konsentrasiýalaryny we gyzyklanýan metalyň pes konsentrasiýalaryny goşmak bolar diýýär.“Bu bäsdeşlik synagyna öwrülýär.Esasan size habar berer, bolýar, bu şertdäki bu molekulanyň natriý we kaliý ýa-da goşan ýeke-täk metalyňyzy has köp baglanyşdyrmak mümkinçiligi bar "-diýdi Dorrestein."Bir wagtyň özünde köp dürli metallary guýup bileris we bu kontekstdäki ileri tutma we saýlama düşünip bileris".

Escherichia coli-den medeni ekstraktlarda gözlegçiler, ersersiniabactin we aerobactin ýaly demir birleşdiriji birleşmeleri kesgitlediler.Ersersiniabactin meselesinde sinkiň hem baglanyp biljekdigine göz ýetirdiler.

Gözlegçiler, nusgalarda metal baglaýjy birleşmeleri okeandan erän organiki maddalar ýaly çylşyrymly diýip kesgitlediler.Dorrestein: "Bu, meniň gören iň çylşyrymly nusgalarymyň biri."Bu, çig nebitden has çylşyrymly bolsa gerek."Bu usul domoik kislotany mis bilen baglanyşdyrýan molekula hökmünde kesgitledi we Cu2 + -ni dimer hökmünde baglanyşdyrmagy teklip etdi.

Demirgazyk Karolina Döwlet Uniwersitetinde ösümlikler we mikroblar tarapyndan öndürilen metal baglaýjy metabolitleri öwrenýän Oliwer Baars, "Bir nusgadaky metal baglaýjy metabolitleri bir nusgada kesgitlemek üçin omics çemeleşmesi diýseň peýdaly" -diýdi. e-poçta iberiň.

Utreht uniwersitetiniň ýerli köpçülikleýin spektrometriýa seljermesiniň öňdebaryjysy Albert JR Hek e-poçta hatynda: "Dorrestein we işdeşleri, metal ionlarynyň öýjükdäki fiziologiki rolunyň nämedigini has gowy barlamak üçin ajaýyp, gaty zerur bir analiz berýär" -diýdi."Indiki ädim, öýjüklerden ýerli şertlerde metabolitleri çykarmak we haýsy metabolitleriň endogen öýjükli metal ionlaryny göterýändigini görmek üçin ýerli şertlerde metabolitleri bölmek".

Iş wagty: 23-2021-nji dekabry